Kota Baubau saat ini menjadi salah satu kota di Provinsi Sulawesi Tenggara yang menjadi fokus pemerintah dalam hal pengendalian penyakit HIV/AIDS. Dalam pemetaan nasional, Kota Baubau sebagai kota yang berkembang dan merupakan daerah yang rawan penyakit menular termasuk penyakit menular seksual HIV/AIDS dimana salah satu dampak mobilitas penduduk yang sangat tinggi.
